当協会は、1971(昭和46)年3月10日に外務省管轄の「社団法人日本シンガポール協会」として設立されました。
その前年の1970年7月15日に開催された設立総会における代表発起人の賀屋興宣氏を名誉会長、初代会長に岩田喜雄氏、経済界から理事25名、監事2名を選出し発足しました。
2008年12月1日に施行された「一般社団法人及び一般財団法人に関する法律(一般社団・財団法)」に沿い、2012年4月1日から内閣府管轄の「一般社団法人」に移行しました。
2014年11月17日付内閣府による「公益目的支出計画の実施完了の確認書」によって、行政庁の監督を離れました。